L’ISJA est un établissement privé catholique appartenant à une congrégation. Il fait partie de la Direction diocésaine de l’enseignement catholique de Dakar, dont le directeur diocésain est le représentant officiel auprès de l’État sénégalais.

L’établissement est dirigé par un proviseur. Il dispose aussi d’une section post-bac autonome, rattachée à l’Université catholique d’Afrique de l’Ouest, qui propose des licences professionnelles.